Le strutture di lavoro del COPA si ispirano a tre idee fondamentali:
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permettere ai rappresentanti dell’Unione europea dei diversi settori e ambiti di produzione agricola di discutere di questioni concernenti i rispettivi settori o ambiti di attività e di identificare possibili soluzioni ai problemi posti;
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assicurare il coordinamento tra le diverse attività nel contesto globale dell'agricoltura, della politica agricola e della politica in generale;
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garantire la rappresentanza di tutti i settori e gli ambiti di produzione.
Queste idee hanno portato alla creazione delle seguenti strutture:
Praesidium
Il Praesidium è composto da un rappresentante per ogni organizzazione aderente. In linea generale, tali rappresentanti sono anche i presidenti delle varie organizzazioni aderenti.
Oltre ai rappresentanti nazionali, partecipano alle riunioni del Praesidium anche il Presidente della COGECA, il Presidente del CEJA (Consiglio europeo dei giovani agricoltori) e la Presidentessa della Commissione femminile del COPA.
Il Presidente del COPA, che presiede le riunioni del Praesidium, può inoltre invitare altre persone, la cui presenza è considerata utile. Si tratta, in particolare, dei presidenti dei vari gruppi di lavoro del COPA, come anche dei presidenti dei gruppi di lavoro comuni del COPA/COGECA, allorquando un argomento attinente ai loro rispettivi settori è iscritto all'ordine del giorno.
Il Praesidium si riunisce normalmente ogni due mesi.
Il principale compito del Praesidium è di prendere tutte le decisioni necessarie e di organizzare le attività del COPA.
Le posizioni del Praesidium sono adottate insieme alla COGECA ogniqualvolta riguardano il settore agricolo nel suo insieme.
Presidenza
Il Praesidium elegge fra i suoi membri un Presidente e sei Vicepresidenti per un mandato di due anni. La presidenza del COPA, che in generale si riunisce una volta al mese, e quella della COGECA costituiscono un Comitato di coordinamento che ha come scopo quello di far convergere le attività e le prese di posizione del COPA e della COGECA.
Comitato di coordinamento politico
Il Comitato di coordinamento politico esamina mensilmente alcune grandi problematiche orizzontali, come pure le proposte messe a punto dai gruppi di lavoro del COPA/COGECA per trasmetterle poi al Praesidium. Esso si riunisce inoltre settimanalmente per scambiare informazioni, coordinare le attività e assicurare il follow-up delle decisioni adottate dal Praesidium.
Gruppi di lavoro
Il COPA annovera 50 gruppi di lavoro, alcuni dei quali si occupano di specifici settori di produzione (ad es. cereali, carni bovine), mentre altri seguono problematiche generali (ad es. ambiente, sviluppo rurale). La maggior parte di questi gruppi di lavoro è costituita in comune con la COGECA, ma sia il COPA che la COGECA hanno dei gruppi di lavoro distinti. I gruppi di lavoro esaminano di propria iniziativa, oppure su richiesta del Praesidium o del Presidente del COPA, tutte le questioni attinenti ai loro rispettivi settori.